Yo le puedo preguntar si esas sinopsis son causa o son efecto de "algo" en las ocasiones en las que la enfermedad o los traumas las hayan destruido. Desde el lado materialista estará seguro de que no hay nada como el "algo", ergo es causa por sí misma, pero le volvería a preguntar ¿por qué tiende al orden en medio de una realidad física que tiende al desorden en ausencia de energía? ¿Tiene esa energía dirección y sentido, algo así como voluntad dirigida?
¿Qué es la conciencia? Creo que este es el debate a día de hoy en el terreno de la filosofía y al parecer está lejos de ser resuelto introduciendo todas las variables científicas a nuestra disposición. ¿Lo conseguirá en el futuro?
Yo tengo una teoría más simple... Somos cuerpo y espíritu en una unidad esencial. Como humanos no somos un espíritu atrapado en un cuerpo ni somos un cuerpo con pretensiones. La plasticidad de nuestro cerebro es un lujo de la naturaleza si el dominio de los mejor dotados fuera suficiente para consolidar a la especie. Es un gasto de energía que ofrece oportunidades a los que ya han demostrado que no aprovechan bien su lugar en un ecosistema que de manera natural se autorregularía para igualar la oferta y la demanda, es decir buscando el equilibrio natural. Si el hombre es capaz de sortear esta regla de oro para las demás especies, será que tiene "algo" que no tienen las demás. Y no es solo la inteligencia operacional resolviendo problemas sino voluntad, decisión y capacidad de sacrificio en plena consciencia.
¿Está seguro de que esas cualidades resultan de las conexiones sinápticas en nuestro cerebro de manera autónoma y espontánea a pesar de manifestar claramente dirección y sentido?
responder requiere más texto que preguntar, pero voy a intentar extraer las preguntas de tu post tal y como las entiendo y responderlas:
1) ¿las sinapsis son la causa de la conciencia o el medio por el que se manifiesta?...
el cerebro material es lo que conocemos... dicho eso: ¿podría ser una mera antena receptora y la chicha estar en una estación de radio?...
de ser así, entonces ¿por qué la complejidad?: cuando yo diseño una arquitectura cliente-servidor el cliente es tontito (el procesamiento está en el servidor)... sin embargo tu cerebro es innecesariamente complejo y dotado de funciones para eso...
¿y eso no me obligaría también a preguntarme lo mismo sobre la estación de radio?... es decir, si puedo sospechar que el mecanismo de la consciencia no está en mi cerebro ¿por que no voy a poder sospechar también que tampoco está en la estación de radio?: quizá ella reciba instrucciones por cable de un centro de control... ¿y por qué quedarme ahí?: quizá el centro de control tampoco sea la fuente... hasta el infinito...
¿ves por dónde voy?: tu planteamiento no da respuestas, al contrario, convierte una pregunta que quizá era innecesaria en irrespondible...
2) si los traumas o las enfermedades destruyen sus manifestaciones, ¿demuestran que la conciencia depende enteramente del cerebro?...
apuntan a ello... si vuelvo a mi arquitectura cliente servidor, precisamente alterando el cliente no se altera el procesamiento del servidor...
si mis ideas vienen de fuera ¿como es posible generar otras localmente con drojas, enfermedades, etc?...
3) ¿por qué emerge el orden en una realidad física sometida a la entropía?, ¿existe una dirección o voluntad detrás de ese proceso?...
precisamente por esa entropía... a ver, en mi opinión la entropía es el concepto peor tratado de la física, dado que hoy en día está asimilado a la probabilidad, es decir, se entiende que la fuerza entrópica es que el estado final es mucho más probable que el inicial...
yo aborrezco totalmente esa idea, y creo que una bowling caerá hacia un agujero […] no por una cuestión de probabilidad de microestados (una minoría de los cuales pueda atravesar de vuelta el horizonte de sucesos), sino por una cuestión de equilibrio de potenciales que solo apuntan en una dirección...
dicho eso, el universo está en desequilibrio, que llamamos potenciales... y tiene a equilibrarse, lo que llamaríamos gloria térmica... y en ese camino pasan cosas... es esa reactividad, si el camino es lo suficientemente largo, la que obliga a que esas cosas sean complejas (lo que tú llamas orden)... igual que dos cordones en el bolsillo, si pasa el suficiente tiempo sometidos al movimiento, crearán nudos cada vez más complejos... no por "casualidad" sino por reactividad...
4) ¿qué es la conciencia?...
al contrario de lo universalmente aceptado, yo nunca he visto complejidad en esa pregunta...
consciencia no es más que, en el proceso de datos de nuestra mente, tener uno más para nosotros mismos...
no es lo mismo medir un cinco que sentir un cinco... la diferencia es la relación del dato medido con la idea de uno mismo...
5) ¿podrá la ciencia explicar algún día su naturaleza por completo?...
estamos a puntito de crear consciencia artificial indistinguible de la nuestra...
6) ¿somos un espíritu atrapado en un cuerpo o un cuerpo que se atribuye capacidades superiores?...
lo que ves es el cuerpo... cualquier otra suposición nos llevaría a lo planteado en el punto 1)....
7) ¿por qué la plasticidad cerebral permite desarrollar capacidades que van más allá de la mera supervivencia?
siempre el motivo ¿por qué piensas que hay alguno?...
la pregunta sería más bien ¿qué es más fácil, que la evolución dé con la solución exacta o que se exceda?...
si tienes que partir una piña, la evolución te dará unos incisivos potentes... pero ¿por qué iba a evitar que los usases para otra cosa?: no hay un mecanismo de supervivencia que impida que además los uses para tallar obras de arte...
pues por lo mismo: tu plasticidad cerebral fue necesaria para tu supervivencia... su exceso no es evolutivamente necesario impedirlo hasta que te ponga en peligro de gloria...
8) ¿la voluntad, la decisión y el sacrificio consciente trascienden la resolución de problemas?
es exactamente el mismo planteamiento que repites siempre: yo no me drogo como resultado de mi proceso biológico y mental, me drogo por inspiración diabólica... y no soy generoso por idéntico proceso mental, tiene que ser por inspiración divina...
¿pero entonces cómo accedieron dios y el diablo a la idea del bien y el mal, si según tú no puede ser el resultado de un proceso causal?...
yo puedo acceder a ideas superiores por simple raciocinio... y el raciocinio me viene de mi camino evolutivo de supervivencia...
y no, no manifiesta dirección y sentido... puedo tender a la virtud o al vicio, pero también al relativismo entre ambas... no hay un camino marcado...